Le prescripteur doit demander :
Il est important d'informer le biologiste des conditions de survenue de la diarrhée afin d'orienter les recherches (voyage tropical par exemple).
En cas de suspicion (xxx), il faut demander spécifiquement la recherche de Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia ou de parasites tels que Giardia, Lamblia ou Entamoeba histolytica.
L'examen coprologique comporte : un examen direct pouvant mettre en évidence des bactéries mobiles, des protozoaires ; une coproculture réalisée sur prélèvement frais ou conservé moins de 12 heures ; un examen parasitologique pratiqué sur selles fraîches.
En cas d'orientation, une recherche de toxines.
Les recherches microbiologiques ne permettent pas d'établir un diagnostic précis dans 50 % des cas. L'absence d'anomalie de la coproculture n'élimine pas la possibilité de diarrhées infectieuses. Il peut s'agir de diarrhées liées à un virus (rotavirus chez l'enfant ; norovirus comme le virus Norwalk chez l'enfant et l'adulte) ou à un coliforme (Escherichia coli entérotoxinogène). La découverte d'un Escherichia coli classique n'a pas de valeur, car il s'agit d'un saprophyte normal de la flore intestinale. Le diagnostic de pathogénicité ne peut être posé que par sérotypage ou recherche de toxines. De même, la découverte de Staphylococcus aureus ou de Candida albicans est d'interprétation aléatoire.